Der Pragtunnel ist der älteste Eisenbahntunnel Deutschlands der noch in Betrieb ist. Mit dem Bau des Tunnels wurde am 26. Juni 1846 im Rahmen des ersten württenbergischen Eisenbahnprojektes begonnen. Der ausführende Inginieuer war der Eisenbahnpionier Carl von Etzel. Dazu wurden von oben zuerst zwölf Schächte nach unten getrieben und von dort nach links und rechts der Vortrieb begonnen. Sehr schnell stellte sich heraus, dass diese hohe Anzahl zu einer gegenseitigen Behinderung führte und man reduzierte es auf fünf Schächte. Nach zwei Jahren war der 828,65 lange Tunnel fertig gestellt. 1908 wurde dann die zweite Tunnelröhre in Angriff genommen. Dabei wurde die erste Röhre durch Abtragung verkürzt. Damit entstanden zwei gleich lange Röhren mit einer Länge von 680 Metern, die bis 1910 fertig gestellt waren.
Während des Zweiten Weltkrieges war eine Röhre für die unterirdische Verlagerung als Produktionsstätte für die Firma Behr geplant. Der Tarnname für diesen Verlagerungsort lautete Ziesel 1.
Von Zeitzeugen ist bekannt, dass der Betriebsleiter der Firma Bosch Zwangsarbeiter zum Schutz vor Bomben in den Eisenbahntunnel schickte. Eine weitere Zeitzeugin berichtet, dass nach einem Luftangriff viele zerlumpte Menschen herausgelaufen kamen und von der Krankenschwester der Sanitätsstelle vom Tiefbunker am Bahnhof Feuerbach eine Erstversorgung erhalten haben.
Ab 25.Oktober 1944 war in der westlichen Tunnelröhre ein Eisenbahnzug der 7. SS-Eisenbahnbaubrigade stationiert. Diese Baubrigade bestand aus 504 Häftlingen (380 Polen, 120 Russen und einige Deutsche) vom Konzentrationslager Auschwitz, welche die zerstörten Eisenbahn-Verkehrswege nach den schweren Angriffen vom Juli und Oktober 1944 wieder instand setzen mussten. Die Brigade kam aus Karlsruhe, wo sie mit Aufräumungsarbeiten betraut gewesen war. Die Häftlinge konnten sich im Tunnel frei bewegen und wurden nachts zum Schlafen in die abgestellten Eisenbahnwagons eingeschlossen. Vermutlich war diese Brigade auch für eine Eisenbahnverbindung von der Rosensteinbrücke durch den Rosensteinpark zum Nordbahnhof betraut. Hier wurde eine Behelfsstrecke gebaut, für den Fall, dass die Gleise die direkt zum Bahnhof führten zerstört werden sollten. Der Zug verließ im am 1. April 1945 Stuttgart. 200 Häftlinge kamen über Biberach nach Bad Schussenried wo sie sich befreien konnten.